Wenn man es genau nimmt, ist die 1994 gegründete HMT eine junge Hochschule. Aber hinter dem scheinbar jungen Gesicht verbirgt sich eine lange Tradition. Bereits 1947 wurde hier unter Leitung des Komponisten Rudolf Wagner-Régeny eine Hochschule für Musik, Theater und Tanz gegründet, die später als Außenstelle der Berliner Hochschule „Hanns Eisler” Studenten der Musik ausbildete. 
Auch das Schauspiel blickt auf eine über 40-jährige Geschichte in Rostock zurück. 1968 als „Rostocker Schauspielschule” gegründet, erfolgte in den 80er Jahren die Angliederung an die Hochschule für Schauspielkunst „Ernst Busch” Berlin.1994 wurde mit der Gründung der HMT eine eigenständige künsterische Hochschule geschaffen. Prof. Wilfrid Jochims, der vormals an der Hochschule für Musik in Köln wirkte, wurde zum Gründungsrektor berufen.Nach wenigen Jahren in räumliche Provisorien gelang es, den über Jahre gereiften Plan, das denkmalgeschützte ehemalige Katharinenstift in Rostock´s Östlicher Altstadt zu einer modernen künstlerischen Hochschule auszubauen. Seit 2001 bildet es ein Juwel in der Hochschullandschaft.
Heute ist die HMT eine begehrte Ausbildungsstätte in ganz Europa. Etwa 550 Studenten aus 42 Nationen erhalten hier ihre künstlerische Ausbildung. Die HMT ist Mitglied der 1995 in Rostock gegründeten Association of Baltic Academies of Music, der ABAM, in der 17 Hochschulen aus dem Ostseebund Austauschprogramme und Künstlerprojekte ermöglichen. Rektor seit Juni 2004 ist Prof. Christfried Göckeritz.Gerade in den letzten Jahren hat die HMT sich als Veranstaltungsort fest etabliert: In über 300 Vorstellungen im Jahr stellen sich Lehrende und Studierende der HMT mit ihren Arbeiten der kritischen Öffentlichkeit - viele davon gelten mittlerweile als Geheimtipp im Rostocker Kulturkalender.